В Калининграде, Пионерском и Балтийске крупные морские торговые порты, крупнейший из них — в Калининграде. Балтийск связан с Санкт-Петербургом паромной переправой и с Гданьском пассажирской линией (эксплуатируется польскоим пароходством).


В Калининграде, Черняховске и Советске есть речные порты. Судоходные реки — Преголя и Неман, они связаны между собой судоходным путём, проходящим по реке Дейме и реке Матросовке. Важнейшая речная судоходная компания — «Западное речное пароходство».

Роль речного транспорта во внутрирегиональных грузовых перевозках незначительна, внутререгиональные пассажирские водные перевозки отсуствуют.

В летние месяцы между Калининградом, Фромборком и Эльблонгом по глади Балтийского залива (который фактически является внутренним водоёмом) курсируют суда на подводных крыльях, эксплуатируемые польским пароходством.


В Калининграде, вернее в посёлке Храброво, есть аэропорт международного класса.


В Калининграде есть трамвай (самая старая система в России, действует с 1895 года, узкоколейный — 1000 мм) и троллейбус (см. Калининградский троллейбус). В других городах области городской транспорт представлен только автобусами, хотя до войны в Черняховске был троллейбус, а в Советске — трамвай.