Важнейший вид внутрирегионального трансопрта — автомобильный. Развита сеть автомобильных дорог с твёрдым покрытием. Большинство дорог не соотвеаствуют принятому в России стандарту по ширине, кроме того они отличаются извилистостью; поэтому на большинстве дорог Калинингрдаской области установлена максимальная скорость в 70 км/ч (вместо 90 км/ч).

Важнейшие автомобильные дороги:
А-229: Калининград — Знаменск — Черняховск — Гусев — Нестеров — литовская граница (далее — в направлении Вильнюса и Минска)
А-216: Калининград — Знаменск — Талпаки (разветвление с А-229) — Большаково — Советск — литовская граница (далее в направлении — Шяуляй и Риги)
Калининград — Зеленоградск — Рыбачий — литовская граница (далее — в направлении Клайпеды; проходит по Куршской косе при въезде на которую взымается экологический сбор)
Калининград — Ладушкин — Мамоново — польская граница (далее — в направлении Эльблонга и Гданьска)
Калининград — Багратионовск — польская граница (далее — в направлении Варшавы)

Кроме того, по территории Калининградской области проходит недостроенная дорога, запланированный автобан Кёнигсберг — Берлин (среди местного населения известна как «Берлинка»). Она обходит стороной населённые пункты и упирается в польскую границу. Погранперехода там нет, поэтому дорога практически не используется, тем не менее существуют планы реконструкции дороги с обоех сторон границы и устройства погранперехода.

Имеются следующие пограничные переходы для автомобильного транспорта:
С Литвой: Советск — Панемуне (по мосту через Неман), Чернышевское — Кибартай, переход на Куршской косе.
С Польшей: Багратионовск — Безледы, Мамоново — Гроново, Мамоново-2 — Гжехотки