Железнодорожный транспорт используется прежде всего для грузоперевозок между Калиниградской областью, соседними странами и остальной территорией России. Также важна роль пассажирских перевозок, как внутрирегиональных, так и внешних. Калининград имеет железнодорожное сообщение не только с городами России (Москвой и Санкт-Петербургом), но также и с Гдыней в Польше и Берлином в Германии.

Больша́я часть существовавших на территории нынешней Калининградской области до войны железных дорог была разобрана в первые послевоенные годы; часть сохранившейся сети была закрыта после распада СССР.

К настоящему времени сохранились и используются следующие железные дороги:
Калининград — Черняховск — литовская граница
Калининград — Мамоново — польская граница
Калининград — Багратионовск — польская граница
Калининград — Приморск — Балтийск
Калининград — Гурьевск — Полесск — Светлый — Совестк — литовская граница
Черняховск — Совестк — литовская граница
Черняховск — Железнодорожный — литовская граница
Калининград — Зеленоградск — Пионерский — Светлогорск (электрифицирована)
Калининград — Пионерский (электрифицирована)

Крупнейшие железнодорожные узлы — Калининград (здесь сходятся семь железных дорог) и Черняховск (здесь сходятся четыре железные дороги)

Эксплуатирует железные дороги Калининградской области Калининградская железная дорога, выделившаяся после 1991 года из состава бывшей Прибалтийской железной дороги.